Magnetický separátor kuliček pro extrakci DNA: praktický výběrový průvodce

Většina pozornosti při extrakci DNA je zaměřena na magnetickou chemii kuliček. Separátor obsahující zkumavky však může také ovlivnit obnovu, čistotu a konzistenci operátora.

Doba zachycení a konzistence zóny zachycení jsou důležitými faktory výkonu magnetického separátoru kuliček, který je potřeba k efektivnímu znehybnění kuliček vázaných na DNA, aniž by došlo ke snížení předvídatelné polohy kuliček během aspirace. V případě slabé, nepravidelné a/nebo špatně viditelné zóny zachycení mohou být kuličky ztraceny spolu se supernatantem nebo mohou být suspendovány ve výmývací pufru.

Jak funguje extrakce DNA magnetickými korálky?

Extrakce magnetických kuliček zahrnuje použití paramagnetických částic, jejichž povrchy vážou nukleové kyseliny za dobře definovaných chemických podmínek. Po lýze vhodné vazebné podmínky podporují adsorpci nukleových kyselin na funkcionalizované magnetické kuličky.

Magnetické pole působí na kuličky silou, která je přivádí ke dnu nebo ke stěně vzorkové nádoby. Supernatant lze poté odstranit pipetováním bez odstředění. Před eluováním DNA do elučního pufru jsou solí, proteiny a inhibitory vyplavovány pracími pufry.

Separátor se nepodílí na chemickém vázání. Účelem je spolehlivě znehybnit kuličky během kroků separace a odstraňování kapaliny. Magnetický stojan MSG from Longlight je zařízení na separaci trubic založené na trvalých magnetech, které odděluje nukleové kyseliny, proteiny a buňky.

Proč je magnetický-Pole Důležitý design?

Výkon separátoru nelze určit pouze pevností magnetu. Vzdálenost mezi magnetem a vzorkem, gradient magnetického pole, geometrie trubice a vlastnosti kuliček ovlivňují chování zachycení.

Dobré pole soustředí kuličky do malé, snadno viditelné oblasti. To umožní odstranění supernatantu, aniž by se při umisťování hrotů pipet narušila pelet.

Příliš agresivní nebo nerovnoměrný vzor zachycení může vést ke vzniku kompaktních shluků korálků, které není snadné znovu zavěsit. Špatné uspořádání může umožnit, aby korálky visely příliš dlouho. Ideálním cílem je oddělit rychle, důkladně a opakovaně, aniž by se zkomplikoval proces následného míchání.

Co jsou Některé Místa, kde může dojít ke ztrátě DNA?

Nejčastější ztráta kuliček nastává, když je supernatant odstraněn a umytý. Pokud není peleta viditelná, špička pipety ji může vytlačit a/nebo nasát.

Problém se zbývající kapalinou je jiný. Neúplné odstranění pracího pufru může vést k přenosu etanolu, solí nebo jiných složek, což může ovlivnit PCR, ligaci nebo reakce na přípravu knihovny.

Je také důležité produkt nepřesušit. Nadměrné sušení korálků po posledním praní může ztížit jejich opětovné zavěšení a snížit efektivitu eluci. Průhledná zóna zachycení vede operátora ke správnému odstranění a dalšímu kroku ve správný čas.

Co je to Nejlepší Srovnání formátu a hlasitosti lampy?

Separátor by měl obsahovat skutečné cévy použité v protokolu. Tyto by měly být obvykle ve formě PCR trubiček, 8-trubičkových pásků, 96-jamkových destiček, 1,5 mL nebo 2,0 mL mikrocentrifugových zkumavek a větších kuželovitých zkumavek.

Umístění trubice uvnitř racku může být pro jiný formát příliš daleko od magnetu. Dobré zarovnání je důležité i tehdy, když je trubice fyzicky schopná se vejít, protože špatné zarovnání může způsobit delší dobu separace nebo nevhodné umístění pelet.

Důležitý je také objem práce. Série MSG od Longlight zahrnuje různé formáty malých objemů od mikrolitrových vzorků až po 2 mL v různých PCR nádobách a standardních mikrocentrifugových zkumavkách.

Co je Správně Kolik propustnosti je potřeba?

Výzkumná laboratoř, která pracuje s několika vzorky, může chtít malý stojan, který je dobře viditelný a má snadno přístupné zkumavky. Formát musí odpovídat diagnostickému nebo sekvenačnímu laboratoři, velikosti šarže a protokolu vícekanálového pipetování.

Nepoužití všech pozic nemusí být nutně problém, ale při použití protokolu s osmi trubičkami mohou při individuálním zacházení nastat rozdíly v načasování mezi vzorky. Předvídatelné zachycení kulek ve všech pozicích je důležité pro vyšší průtok, kde je důležitá i konzistentní vzdálenost trubic.

Portfolio přípravy vzorků NGS společnosti Longlight zahrnuje magnetickou separaci, kvantifikaci DNA, fragmentaci DNA a elektroforézu, což poskytuje integrovanější pracovní postup pro přípravu vzorků.

Praní – Jak Je to vůbec možné?

Poté, co se korálky shromáždí, umístěte špičku pipety na druhou stranu od korálku. Nechte tekutinu odstraňovat dostatečně pomalu, aby se žádné korálky z magnetu neodtrhly.

Přidávejte specifikovaný prací pufr podle standardizovaného postupu. V závislosti na pracovním postupu lze mýt trubicí na roštu, nebo je třeba korálky mezi kroky úplně znovu zavěsit.

Metoda by měla uvádět, zda by měly být kuličky během každého kroku zcela rozptýleny. Pokud opětovná suspenze není dokončena, mohou být kontaminanty zachyceny v shluku a mohou způsobit větší variabilitu při manipulaci se vzorky, pokud je míchání příliš agresivní.

Jaká je DNA elutoval Z korálků?

Po dokončení finálního mytí a sušení (kontrolované) nádobu vyjměte z magnetického stojanu. Přidejte indikovaný elucionální buffer a důkladně znovu zavěšte korálky.

Obnova DNA může být ovlivněna teplotou, objemem eluce, dobou míchání a inkubace. Po dokončení elucie vraťte zkumavku zpět do magnetického stojanu a počkejte, až budou kuličky plně znovu zachyceny a supernatant bude čirý, než přenesete supernatant obsahující DNA.

Poloha eluci peletu je zvláště důležitá při použití elucie nízkého objemu. Kompaktní pelet, která je dále od aspirační zóny, vede k většímu získávání eluátu, ale bez přenosu kuliček.

Jak může Separator Měří se výkon?

Opakujte extrakce se stejným vzorkem, chemií kuliček a osobou, která ji provádí. Všimněte si času potřebného k oddělení, viditelnosti pelet, snadnosti odstranění supernatantu a snadné opětovné zavěšení kuliček.

Zkontrolujte množství a kvalitu DNA a také otestujte použití, pro které chcete DNA použít. I když má vzorek přijatelné poměry absorbance, vzorek může stále obsahovat dostatečné množství inhibitoru, aby ovlivnil přípravu PCR nebo sekvenační knihovny.

Pro vícetrubičné a deskové systémy je důležitá konzistence mezi pozicemi. Testujte více než jedno testovací místo – porovnejte výsledky blízko středu a na okrajích.

Kdy je potřeba větší biomagnetický separátor?

Trubkové stojany lze použít pro každodenní aplikace od mikrolitrů do mililitrů. Může být vyžadováno oddělení stovek mililitrů nebo několika litrů činidel, biozpracování nebo výroba.

Není to tak, že by větší magnet na tomto řádu měl vliv. Průměr nádoby, míchání, vzdálenost pohybu kuliček, jednotnost pole a monitorování procesu jsou důležitější.

Longlight's biomagnetické separátory, model MSG-250/MSG-1000 jsou užitečné pro zvětšování při separaci nukleových kyselin, čištění proteinů a dalších dávkových procesů.

Kontrolní seznam pro kupující.

Ověřte následující: typy trubic, které jsou podporovány, rozsah pracovního objemu, počet poloh a zda je kompatibilní s jednokanálovými nebo vícekanálovými pipetami. Podívejte se na umístění kuliček a zda je peleta stále viditelná z běžného pracovního úhlu operátora.

Požádejte o "data o oddělení" ve formátu kuliček a nádob, který je podobný vašemu protokolu. Dále zvažte potřeby čištění, odolnost vůči chemikáliím, stabilitu stojanu a snadnost zasunutí a vyjmutí trubice bez náhlých pohybů.

Produktová rodina zahrnující několik svazků může usnadnit školení laboratorního personálu a převod metod pro laboratoře používající více extrakčních formátů. Magnetická separace a další jsou Longlightovy Obecná laboratorní pracovní řešení.

Závěr

Přesnost odstranění mycího roztoku a množství materiálu vazebného DNA, které zůstává v trubici, je přímo ovlivněno magnetickým separátorem kuliček pro extrakci DNA. Viditelná peleta a správné umístění trubice pomáhají dosáhnout vyšší obnovy a lepší opakovatelnosti pomocí Uniform kuličky.

Separátor musí být zvažován v kombinaci s chemií kuliček, objemem vzorku a technikou manipulace s kapalinou. Uživatelé laboratoře mohou zasílat formát zkumavky, požadavky na velikost dávky a/nebo pracovní objem Longlightu e-mailem Kontaktní stránka Pro sladění produktů.

FAQ

Q1. Váže magnetický separátor DNA přímo, nebo se váže na jinou molekulu, která se váže na DNA?

Ne. Korálky jsou potaženy povrchovou chemií, která se váže na DNA. Separátor dokáže tyto kuličky udržet a odebrat tekutinu kolem nich.

Q2. Existuje jeden magnetický rack pro každý typ lampy?

Obvykle ne. Pracovní objem a geometrie trubice musí být kontrolovány, protože fyzické přizpůsobení nemusí nutně znamenat, že je zachována správná vzdálenost od magnetu.

Q3. Jaký čas by měl být vyhrazen pro magnetickou separaci?

Závisí na atributech kuliček, objemu vzorku, viskozitě, tvaru trubice a konstrukci magnetu. Proveďte ověřený protokol a počkejte, až bude supernatant čistý.

Otázka 4. Proč jsou magnetické korálky přítomny ve finálním eluátu?

Mohlo to narušit peletu během aspirace nebo příliš krátkou dobu čištění. Opatrně vložte trubici zpět do magnetu a znovu přemístěte supernatant.

Q5. Je možné extrahovat RNA pomocí magnetických separátorů?

Ano, s vhodnou chemií a extrakčním postupem pro vazbu RNA. Přesto je nutné provést kontrolu RNázy.