Jak zkrátit dobu elektroforézy nukleových kyselin na 10 minut?

Elektroforéza nukleových kyselin je často pomalejší, než by musela být – krade čas, přehřívá gely a zpožďuje rozhodnutí v rušných laboratořích.

Bolest: Proč gely trvají příliš dlouho

Většina týmů akceptuje 30 – 60 minutové běhy jako "normální". Dlouhé běhy však skrývají skutečné náklady. Teplo se hromadí, pásy se rozmazávají a vy ztrácíte čas mezi PCR a dalším krokem. Klasické TAE/TBE buffery nebyly navrženy pro rychlost při vyšších intenzitách pole. Stiskněte napětí a gel se zahřeje; Tlačte déle a riskujete zkreslenou migraci nebo špatné zotavení. Opětovné spuštění gelu pro opravu rozmazání stojí více než minuty – snižuje důvěru a ucpává váš pracovní postup.

Z rozhovorů se zákazníky slyšíme znovu a znovu stejné bolestivé body. Výzkumníci chtějí rychlejší kontroly produktů PCR, vysoce výkonné obrazovky, které se nezastaví, a čisté pásy, které mohou přejít přímo k podvázání nebo gelové regeneraci. Zásobování chce spotřební materiál, který vydrží a nevyžaduje neustálou výměnu. Ve společnosti Longlight Technology jsme si položili jednoduchou otázku: co kdyby bylo možné elektroforézu nukleových kyselin spolehlivě dokončit za 5 až 10 minut, aniž by byl obětován výkon v navazujících fázích?

❓ Co nám říkají laboratoře?

Rychlost omezuje přehřívání, nekonzistentní síla vyrovnávací paměti mezi nahazováním a během a úzkost z kroků po proudu. Týmy váhají se změnou pufrů, protože se obávají o ligaci, výtěžek extrakce nebo stabilitu RNA. Neměli byste být nuceni volit mezi rychlostí a kvalitou.

(Figuk bodu 1. Aplikace super rychle běžícího pufru na 0,8% agarózový gel. Dráha 1: D12000

žebřík (5 μl); Dráha 2: 4 μl; Dráha 3: 3 μl; Dráha 4: 2 μl; Dráha 5: 1 μl)

(Obrázek 2. Aplikace super rychle běžícího bufferu na

1% agarózový gel. Dráha 1: žebřík D5000 (5 μl); Dráha 2: 4 μl; Dráha 3: 3 μl; Dráha 4: 2 μl; Dráha 5: 1 μl)

(Obrázek 3. Aplikace super rychle běžícího bufferu na

2% agarózový gel. Dráha 1: žebřík D1000 (5 μl); Dráha 2: 4 μl; Dráha 3: 3 μl; Dráha 4: 2 μl; Dráha 5: 1 μl.)

• Super Fast Running Buffer je plně kompatibilní s různými koncentracemi agarózových gelů (0,8 %, 1 %, 2 %), jak je znázorněno na obrázku 1–3. Bez ohledu na koncentraci gelu si pásy nukleových kyselin udržují vynikající rozlišení a čistotu, což zajišťuje experimentální potřeby pro separaci různě velkých molekul DNA.

Oprava: Vysvětlení super rychle běžícího bufferu

Náš 50x Super rychle běžící vyrovnávací paměť je přípravek s nízkou iontovou silou vyvinutý speciálně pro agarózovou elektroforézu nukleových kyselin. Menší iontová zátěž znamená méně tepla v daném poli. V kombinaci se správnou koncentrací agarózy můžete s jistotou pracovat při napětí až 25 – 30 V/cm, čímž stlačíte běh, který často trvá 30 minut, na pouhých 5 – 10 minut. Při přímém použití týmy obvykle vidí ~2,5 – 3x rychlejší separace než standardní 1x TAE nebo 1x TBE.

Jak to funguje

Nižší síla iontů snižuje Jouleův ohřev a pomáhá udržovat ostré pásy při vyšším napětí. Tato tepelná stabilita zachovává rozlišení pro DNA a RNA a zároveň umožňuje rychlost. Stejně důležité je, že chemie je šetrná k downstreamu: nenarušuje extrakci nebo ligaci DNA gelu, takže můžete přejít přímo ke klonování, čištění nebo kvantování.

• Rychlý obrat: 5 – 10 minut běhů při 25 – 30 V/cm

• Ostré pásy: Vysoké rozlišení i při vysoké intenzitě pole

• Kompatibilita po proudu: Žádný vliv na zotavení gelu nebo ligaci

• Vyšší výtěžnost: Často překračuje výkon obnovy TAE/TBE

• Opakovaně použitelná kapacita vyrovnávací paměti: Silná vyrovnávací paměť pro více použití

• Rychlé nastavení

Zřeďte pufr v poměru 1:50 a připravte 1x pracovní roztok (např. 20 ml 50x do 980 ml destilované vody). Skladujte 1x při pokojové teplotě. Pro nejlepší konzistenci použijte stejnou dávku 1x k nalití a spuštění gelu; Míchání různých šarží může změnit sílu pufru na rozhraní gelu. Neřeďte pod 1x – to vybízí k abnormální migraci.

Provozní podmínky

Běžte s délkou gelu 25 – 30 V/cm a upravte ji na základě geometrie nádrže a tepelného chování. Stejně jako u každého běhu na vysokém hřišti si ověřte limity napájení; Pokud proud nebo napětí klesá, zkontrolujte, zda přístroj omezuje proud nebo výkon. Barvení je flexibilní: po běhu přidejte barvivo do gelu nebo mořidla – obojí funguje.

• Bezpečnost a stabilita

Nepřetržitý chod nebo vysoké okolní teploty mohou zvýšit teplotu vyrovnávací paměti. V případě potřeby jednotku ochlaďte nebo ji položte na led, abyste chránili rozlišení. Vyrovnávací paměť pravidelně vyměňujte, abyste zachovali přesnost. Skladujte jak 50x zásobní, tak 1x pracovní roztoky při pokojové teplotě; Za doporučených podmínek je stabilita minimálně 12 měsíců od obdržení. Jako vždy noste laboratorní plášť a jednorázové rukavice. Tento produkt je určen pro výzkumné použití profesionály.

Zisky v reálném světě a jak začít

Když je rychlost spolehlivá, zlepšuje se vše v downstreamu. 5 – 10minutový gel vám umožní zkontrolovat PCR, upravit přípravu knihovny nebo ověřit ligaci, aniž by došlo k vykolejení dne. Pro skupiny s vysokou propustností rychlejší gely uvolňují fronty a zvyšují propustnost. To znamená více dat před obědem – a méně večerních repríz.

Ve společnosti Longlight Technology jsme vytvořili tuto rezervu, abychom týmům pomohli zkrátit smyčku mezi hypotézou a výsledkem. V pilotních nasazeních laboratoře hlásily čistší pásy na vyšších polích, hladší předávání do ligace a lepší výtěžnost extrakce gelu ve srovnání se staršími pufry. Opakované použití a koncentrovaný formát 50x také podporují kontrolu nákladů: jedna láhev urazí dlouhou cestu a silná vyrovnávací kapacita znamená méně výměn uprostřed běhu.

Osvědčené postupy pro rychlou elektroforézu nukleových kyselin

• Nalévejte a spouštějte se stejnou dávkou 1x pro konzistenci.

• Začněte na 25 V/cm, poté se posuňte směrem k 30 V/cm, jak to vaše nastavení dovolí.

• Sledujte teplotu vyrovnávací paměti při delších sekvencích běhů; Podle potřeby ochlaďte.

• Udržujte napětí pod 200 V, pokud do rychlého pufru vhodíte TAE/TBE-cast gel; Velmi vysoké napětí může v tomto scénáři zkreslit výsledky.

• Kde září

Krátké ověřovací běhy, rychlé kontroly během klonování, screening desítek PCR amplikonů a zrychlení pracovních postupů RNA, které se obvykle plazí pod tradičními systémy. Pokud váš tým stráví více času čekáním na gely než jednáním na výsledky, zisk je okamžitý.

Myšlenky Fina

Jste připraveni zkrátit dobu elektroforézy nukleových kyselin na 10 minut – aniž byste museli slevit z jasnosti nebo obnovy? Promluvte si se společností Longlight Technology ještě dnes a vyžádejte si vzorek, získejte šablonu SOP nebo zkontrolujte kompatibilitu vaší gelové krabičky. Proměňme gelové běhy z úzkých míst v rychlý kontrolní bod a udržme vaše experimenty v pohybu.