Mikrobiologie

BoFU-80: Ultrazvukem asistovaná identifikace MALDI-TOF Rhizopus oryzae

Rhizopus oryzae se běžně vyskytuje v půdě, vzduchu a dalších látkách. Je to důležitá plíseň při fermentaci potravin, protože může způsobit rozpad potravin. Jeho kolonie je volná nebo hustá, která zpočátku zbělá a poté se změní na šedohnědou až černohnědou. Falešné kořeny jsou dobře vyvinuté, s prstovým nebo kořenovým větvením a jsou typickými vláknitými houbami, které je obtížné prorazit. Protein byl extrahován pomocí standardní metody extrakce kyselinou mravenčí, kterou doporučil Bruker a identifikoval pomocí MALDI-TOF, ale nebyl nalezen žádný zjevný markerový pík a nemohl být detekován. Po použití reagenční soupravy pro rozbití a extrakci buněčné stěny byly identifikovány tři charakteristické píky, ale bylo tam hodně šumu a hmotnostní poměr (m/z) píku byl menší než 200.

BoFU-80 využívá vysokofrekvenční fokusovaný ultrazvukový systém ke koncentraci akustické energie do vzorku, který má být zpracován, což může účinně zlepšit rychlost extrakce proteinů kmene a zvýšit rychlost detekce systému MALDI-TOF. Pomocí fokusovaného ultrazvuku a reagenční soupravy k extrakci proteinu pro detekci MALDI-TOF bylo získáno šest píků markerů, s poměrem píku k hmotnosti (m/z) větším než 400 a skóre 9,169 indikujícím vysokou spolehlivost.